Основные причины патологической вторичной иммунологической недостаточности – патогенные воздействия на систему иммунитета на протяжении жизни. К ним относятся: инфекции (особенно поражающие лимфоциты и макрофаги – цитомегаловирусная, ВИЧ, герпетическая, гепатит В, корь, мононуклеоз, микобактериозы, сифилис, боррелиоз) и инвазии паразитов (токсоплазмоз, малярия, шистосоматоз, трихинеллез, лейшманиоз и другие). Большое влияние оказывают мутагены (внешнее облучение и инкорпорация радионуклеотидов, химикаты, лекарства).